اگرچه این مكتب پس از آغاز غیبت کبری شروع شد لیکن اوج فعالیت مکتب بغداد در نیمه قرن پنجم هجری در عصر طلایی تاریخ فرهنگ اسلام و به ویژه در زمان برتری فرهنگی و سیاسی حکومت شیعی مذهب آل بویه با حضور اندیشمندان برجسته و اثرگذار جهان تشیع، هچون شیخ مفید، سیّد مرتضی و شیخ طوسی به منصۀ ظهور رسید و تا زمان سقوط بغداد به دست سلجوقیان ادامه داشت.

بارزترین ویژگی‌های مکتب بغداد که آن را از دیگر مکتب های حدیثی جدا می کند عبارت است از: عقل گرایی، عدم حجّیت خبر واحد؛ استفاده گسترده از اجماع، پایه‌ گذاری دانش‌ های حدیث­شناختی و طرح مباحث اصول و اجتهادی.